前不久,一則中國科學家挑戰(zhàn)兩大法則提出全新公式的消息,在微生物圈泛起波瀾,引發(fā)關注。
這是中國科學院深圳先進技術研究院、深圳合成生物學創(chuàng)新研究院研究員劉陳立帶領科研團隊,歷時多年以大腸桿菌為模式生物,揭秘細菌大小的決定因素,推導出全新的個體生長分裂方程,修正了該領域原有的兩大生長法則。
今年5月,這一成果的學術論文已由國際學術期刊《自然·微生物學》發(fā)表,其中提到,該成果給合成生物學領域生命體理性設計提供了建構基礎原理。那么,這一成果究竟有多大意義,科研團隊在挑戰(zhàn)傳統(tǒng)法則的過程中又經歷了什么,.燈箱,記者采訪了劉陳立團隊。
傳統(tǒng)法則
細菌,是自然界分布最廣、個體數(shù)量最多的單細胞生命體。從發(fā)酵酸奶的乳酸菌,到生產胰島素的大腸桿菌,可以說,細菌充斥于人類生活和科學研究的方方面面。
當然,如同人類肉眼可見的其他生物一樣,細菌也是有大有小的。
劉陳立告訴記者,每種細菌有著各式各樣的可遺傳繼承的大小,這些微小細胞的體積有時可以相差百萬千萬倍:從0.3微米長的專性胞內病源菌支原體,到600微米長的刺尾鯛腸道內共生菌費氏刺骨魚菌,再到生長在納米比亞海邊肉眼可見的1毫米長的納米比亞嗜硫珠菌。
當然,較大的細菌是極少數(shù)的,大多數(shù)已知細菌的直徑在0.4-2微米之間,長度在0.5-5微米之間。劉陳立說,長期以來,細菌的大小,一直是細菌分類學中一個不可缺少的性狀,同時特定的大小使得細菌更能適應其生存環(huán)境。
過去100年來,生物學家一直想知道,究竟是什么決定了細胞的大小。在近代,路燈燈箱,雖然科學家知道了大部分控制細菌細胞周期和細胞分裂的分子,但人們仍然不知道細菌細胞的大小是如何確定的。
上世紀50年代,美國科學家發(fā)現(xiàn)“細菌細胞長得越快,細胞就越大”。更為重要的是,這一研究突破性地用一個數(shù)學公式,描述了細菌細胞生長速度和細胞大小之間的定量關系。
簡單來說,只要知道細胞生長的快慢,就可以準確推斷出細胞的大小,反之亦然。這一公式后被稱為“SMK生長法則”。
那么,細胞大小和生長速度之間,為什么會存在這樣的關系?
1968年,另一位科學家在《自然》雜志上發(fā)表了他的觀點。這位科學家認為,細胞的大小,決定了細胞內DNA何時開始新一輪復制。當細胞進入復制階段時,細胞大小和復制起點數(shù)的比值是恒定不變的。
后來,這一比值被學界稱為“起始質量”。劉陳立說,由于細胞是指數(shù)生長,“起始質量”及時間周期恒定,因此分裂時細胞的大小,和生長速率的指數(shù)次方成正比。
這一觀點很好地契合了“SMK生長法則”,黨建宣傳欄,回答了“細菌大小是怎么決定的”這一基礎科學問題,被稱為“恒定起始質量假說”。
此后,這兩個統(tǒng)治了學術界半個世紀的生長法則環(huán)環(huán)相扣,就像科研道路上的“指路牌”一樣,在這一領域樹立權威60多年,多年來許許多多的研究,在兩大法則的指引下開展。
一測三年
當然,在過去半個多世紀里,有一些研究團隊曾對這兩個法則的準確性提出質疑,但由于缺乏系統(tǒng)全面的實驗數(shù)據(jù),相關結論并未引起領域內大部分研究人員的重視。
“要想修正主流細胞生長法則,必須要確保實驗數(shù)據(jù)完整的覆蓋度,以及高度的可重復性?!眲㈥惲⒄f。
他帶領團隊潛心3年多研究,對兩大法則進行了系統(tǒng)性重復實驗。
據(jù)此次成果論文的第一作者、中國科學院深圳先進技術研究院鄭海博士介紹,通常情況下,此類研究會選取1種或少數(shù)幾種培養(yǎng)基,而他們選擇了超過30種的培養(yǎng)基開展實驗。
“我們采用早晚輪班制,對細胞的生長狀態(tài)進行實時監(jiān)控,以確保每次取樣都是在細胞穩(wěn)定狀態(tài)下進行。”鄭海告訴記者,在低生長速率條件下,完成一次實驗所需時間長達一周,而為確保數(shù)據(jù)可靠,實驗還需要重復,重復次數(shù)多的超過9次。
也因此,這次實驗成了迄今為止類似研究工作中,選用培養(yǎng)基種類最多、覆蓋生長速率范圍最廣的一次。
鄭海說,帶著極大的耐心和嚴謹?shù)膽B(tài)度,科研團隊最終發(fā)現(xiàn),原有的兩大法則并不準確,被奉為經典的“指路牌”,可能將相關領域的研究引向了“偏離的方向”。
“雖然生長速度越快,細胞越大,但二者之間的關系,并不符合SMK生長法則的預期?!眲㈥惲⒄f。
按照法則描述,無論細胞生長快慢,一旦達到“起始質量”,就應該開始新一輪的DNA復制,然而,劉陳立團隊卻在實驗中觀察到,細菌細胞沒有遵循假說,不同培養(yǎng)條件下,“起始質量”有高有低。
“如果兩大法則并不準確,宣傳欄廠家,那么細菌的大小又是由什么來決定的呢?”
帶著這些疑問,劉陳立團隊一測就是3年。
新方程出爐
“要和數(shù)據(jù)待在一起,揣摩它?!边@是劉陳立向團隊成員提的要求。